W klauzurze, tj. w oddzieleniu od świata,  w duchu św. Franciszka tworzymy rodzinę duchową, w której, przepojone miłością i jednością siostrzaną, trwamy w poszukiwaniu i wypełnianiu woli Bożej. (KG 135)  

    Klauzura stanowi szczególny sposób przebywania z Panem. Za jej pośrednictwem mniszki urzeczywistniają „exodus” ze świata, aby spotkać Boga w samotności „pustyni klauzury”, obejmującej również milczenie, skupienie, modlitwę wewnętrzną, samotność oraz próby duchowe i udręki codziennego życia wspólnotowego. Klauzura stanowi znak świętej troski Boga o Jego stworzenie – ukazuje Opatrzność Bożą, a jednocześnie jest szczególną formą przynależności do Niego samego oraz znakiem bezgranicznego oddania się Bogu Ojcu.

Apostolstwo Sióstr Bernardynek, to życie wiary i posługa, wypływające z tego samego źródła, z którego czerpał  św. Franciszek, to jest z Ewangelii i kontemplacji.

     Poświęcamy się życiu kontemplacyjnemu, aby szczerym i czystym sercem stale uwielbiać Trójjedynego Boga w modlitwie liturgicznej i indywidualnej oraz w trudzie codziennej pracy; poznawać i rozważać tajemnice Jezusa Chrystusa, szczególnie tajemnice Żłóbka i Krzyża oraz Eucharystii; oddawać się wielkodusznie praktyce pokuty w odosobnieniu i milczeniu; i błagać o łaski dla braci w świecie i ich zbawienie. (KG 8)

Kontemplacja, zgodnie z duchem naszego św. Ojca Franciszka jest pierwszym  i podstawowym apostolstwem Sióstr Bernardynek. Według planu Bożego – jest znamiennym i charakterystycznym sposobem bycia Kościołem, życia w Kościele, tworzenia wspólnoty z Kościołem i pełnienia własnej misji w Kościele.  

     Kontemplacja ewangeliczna duszy szczerej i otwartej na działanie Ducha Świętego prowadzi do wewnętrznej przemiany (metanoia), procesu ciągłego nawracania się; do czystego serca pełnego pokoju zdolnego  do radosnego zjednoczenia w miłości z Bogiem i do miłości drugiego człowieka, do powszechnego braterstwa i umiłowania wszystkich stworzeń Bożych. Ta owa przemiana, jest rodzajem pokuty. (KG 105)

Maryjność, jest także dla Mniszek Bernardynek spuścizną duchową św. Franciszka, który czule miłował Maryję i czcił jako Panią i Królową. Jest też niejako cechą charakterystyczną naszego Zakonu. Matka Boża, doznaje w Zakonie Bernardynek szczególnej czci. Codziennie rozważamy tajemnice jej życia odmawiając różaniec lub koronkę seraficką „Siedmiu radości NMP”, a w sobotę, jako dniu Jej poświęconym, śpiewając i rozważając Godzinki do Niepokalanego Poczęcia NMP i spełniając swoje obowiązki w duchowej z Nią łączności. Uroczystość Jej Niepokalanego Poczęcia jest obchodzona ze szczególną czcią, poprzedzona nowenną i dopełniona aktem poświęcenia się Jej. Niepokalanemu Poczęciu NMP powierzona została nasza Federacja.

Świętemu Franciszkowi, duchowemu Ojcu, Zakon Bernardynek oddaje cześć w codziennych modlitwach oraz świętując ważniejsze wydarzenia związane z jego życiem.  W rocznicę złożenia profesji przez św. Franciszka, każdego 16 kwietnia, Siostry odnawiają swoje śluby zakonne. Czynią to również 29 listopada, w święto Wszystkich Świętych Zakonu Serafickiego. (KG 100) Szczególny kult wyrażany jest 3 października, przez uroczyste obchody wspomnienia jego śmierci, tzw. Transitus, (Z 16) poprzedzony nowenną do  św. Franciszka. (KG 99)