Franciszek urodził się w 1182 r. w Asyżu, jako syn kupca Piotra Bernardone i Joanny Piki pochodzącej z Francji. Na chrzcie świętym otrzymał imię Jan Chrzciciel, ale ojciec zdrobniale i żartobliwie zwykł go nazywać Francesco i imię to przylgnęło do niego na zawsze. Po radosnej i bardziej lub mniej beztroskiej młodości, w dwudziestym piątym roku życia poczuł się przemieniony łaską Bożą. W drodze do Spoleto, w czasie snu usłyszał głos: „Franciszku, komu lepiej służyć, Panu czy słudze?” Odpowiedział: „Panu”. Powrócił do Asyżu i poświęcał więcej czasu modlitwę, dawał hojne jałmużny, opiekował się chorymi. Przemianę tę przypisywał Bogu. Przezwyciężył siebie i oddał się posłudze trędowatych. W „Testamencie” napisze: „Sam Pan wprowadził mnie wśród nich”.

Gdy pewnego dnia modlił się przed Krzyżem w zrujnowanym kościółku świętego Damiana, usłyszał głos Chrystusa, który polecił mu: „Franciszku, idź i napraw mój Kościół, który chyli się ku upadkowi”. Zrozumiawszy to dosłownie, zabrał z domu ojca sukna, sprzedał je w Foligno, a uzyskane pieniądze przeznaczył na remont kościółka św. Damiana.  W konsekwencji ojciec wydziedziczył go oficjalnie wobec biskupa Gwidona II . Ze strony Franciszka nastąpiło całkowite wyrzeczenie się wobec biskupa wszystkiego dobra, nawet ojca.  Przez trzy lata zbierał jałmużny na utrzymanie i remonty świątyń. Uważany za szaleńca, poświęcił się odbudowie kościołów w okolicach Asyżu.  Pewnego dnia roku 1208, prawdopodobnie  w święto świętego Łukasza, usłyszał słowa Ewangelii o rozesłaniu uczniów. Odkrył wówczas swoje powołanie: „Żyć według formy świętej Ewangelii” („Testament”). Zdjął używany dotąd strój pielgrzyma a nałożył prostą tunikę, przepasał się sznurem i boso wyruszył, aby głosić królestwo Boże i wzywać do nawrócenia.  Wnet dołączyli do niego pierwsi naśladowcy. Wśród nich znaleźli się Bernard z Quintavalle, rycerz i kupiec, Piotr Cattani, doktor prawa oraz Idzi z Asyżu. Początkowo nazywali siebie „pokutnikami z miasta Asyżu”, a później „braćmi mniejszymi”. Przyświecał im jeden cel: naśladowanie Chrystusa ubogiego, pokornego i ukrzyżowanego, a także głoszenie Ewangelii. Na wzór uczniów Chrystusa zaczęli obchodzić miasta i wioski, nawołując do nawrócenia i przemiany życia. 

Gdy liczba naśladowców Franciszka doszła do dwunastu, napisał dla nich pierwszą Regułę, która sprowadzała się do kilku zdań z Ewangelii, które miały stanowić ich program życia. Udał się ze swoimi towarzyszami do Rzymu, aby od papieża otrzymać aprobatę dla nowego sposobu życia. Papież Innocenty III ustnie zatwierdził ich sposób życia. Było to w roku 1209. Kardynał Jan z bazyliki świętego Pawła z upoważnienia papieża udzielił dwunastu braciom tonsury, co dało im immunitet kościelny.

Po powrocie do Asyżu bracia musieli opuścić swoje pierwsze schronienie w Rivotorto i przenieść sie do Porcjunkul, którą otrzymał Franciszek od opactwa benedyktyńskiego.  Z czasem Porcjunkula stała się centrum wspólnoty braterskiej. Wokół małej kapliczki Matki Bożej Anielskiej bracia zbudowali kilka szałasów z gałęzi i błota. U papieża Honoriusza III Franciszek uprosił odpust znany pod nazwą odpustu Porcjunkuli. 

W 1213 roku hrabia Orlando z Chiusi ofiarował Franciszkowi górę Alwernię, która stała się ulubionym miejscem modlitw Biedaczyny. 

Dzieło Franciszka rozpowszechniało się tymczasem na kształt żywiołu. Wspólnota braterska liczbowo wzrastała bardzo szybko w pierwszym dziesięcioleciu swego istnienia. Źródła, informują o trzech tysiącach braci zgromadzonych na kapitule w roku 1221 i o pięciu tysiącach na tak zwanej kapitule rogozianej w 1222 roku. W 1215 roku Franciszek uczestniczył w obradach Soboru Laterańskiego IV. Wtedy też poznał i zaprzyjaźnił się ze świętym Dominikiem, założycielem zakonu kaznodziejskiego. 

Kapituła generalna, która odbyła się w 1217 roku, podzieliła rozrastający się zakon na prowincje. Franciszek zrezygnował z zarządzania wspólnotą braci i mianował ministra generalnego Piotra Cattani, nadal jednak był uważany za głowę zakonu.

Wyjątkowe znaczenie miała kapituła w roku 1221, ostatnia, na której obecni byli wszyscy bracia, nawet nowicjusze. Na niej przyjęto regułę. Nazywa się ją regułą niezatwierdzoną, ponieważ nie zatwierdził jej papież. Dopiero 29 listopada 1223 roku papież Honoriusz III bullą „Solet annuere” zatwierdził regułę świętego Franciszka.

W lecie 1224 roku udał się na Alwernię, gdzie odbył czterdziestodniowy post ku czci świętego Michała Archanioła. Tam, w święto Podwyższenia Krzyża Świętego, ukazał się mu Chrystus w postaci serafina na krzyżu i odbił na ciele Franciszka swoje najświętsze rany.

Wiosną 1226 roku przebywając w Sienie poczuł się osłabiony. Podyktował wówczas swoją ostatnią wolę („Testament”), błogosławił swoim braciom, nakazywał wzajemną miłość, wierność Pani Ubóstwa oraz szacunek wobec dostojników i duchownych Kościoła.

Franciszek zmarł 3 października 1226 roku w Porcjunkuli podczas śpiewu psalmu 142, wcześniej wysłuchawszy Męki według świętego Jana. Następnego dnia, 4 października, jego ciało przeniesiono z Porcjunkuli do kościoła świętego Jerzego, a cztery lata później do wybudowanej na polecenie papieża Grzegorz IX bazyliki. Tam papież kanonizował go  16 lipca 1228 roku. Franciszek pozostawił po sobie kilka pism: Napomnienia, Reguły, Testament, Listy i Modlitwy.