Już u początków istnienia klasztoru bernardynów w Warcie (1467), uformowała się żeńska kongregacja tercjarska (1493), złożona przeważnie   z pobożnych panien i wdów, które pomagały zakonnikom materialnie. wspólnota ta, nie różniła się zasadniczo od świeckich tercjarzy, gdyż członkinie nie składały ślubów. Początek wspólnocie zakonnej  dała Dorota Kurska , wdowa po wójcie warckim, która w 1538 roku przyjęła habit III Zakonu Regularnego św. Franciszka i złożyła profesję ślubów posłuszeństwa i czystości. W Jej ślady poszła cała kongregacja tercjarska, uformowała się pierwsza wspólnota zakonna.

W 1677 roku, ówczesna przełożona klasztoru  Klara Szczycińska, rozpoczęła budowę  drewnianego kościoła i budynku klasztornego. W 1680 roku budowle były wykończone. Niestety już w 1683 roku kościół   i klasztor uległy zniszczeniu wskutek pożaru. Odbudowa ich trwała 13 lat. Najpierw wzniesiono klasztor (1687 r.)  a następnie (1696r.) nową świątynię p.w. Narodzenia Najświętszej Panny Maryi. Obydwie budowle były drewniane. Do budowy murowanego klasztoru przystąpiono w 1722 roku i ukończono go w ciągu 4 lat (1726). Dużo później, bo dopiero w 1764 roku, po zburzeniu  drewnianego kościoła, położono fundamenty pod nową murowaną świątynię barokową p.w. św. Józefa.W budowie tych obiektów znacznej pomocy udzielali miejscowi ojcowie bernardyni. W 1775 roku kościół i klasztor został ogrodzony murowanym  parkanem  a przed kościołem postawiono kolumnę z  figurą św. Jana Nepomucena. Siostry opiekowały się chorymi w szpitalu miejskim, prowadziły   także   szkołę   gospodarstwa  domowego dla dziewcząt.

W okresie rozbiorów zakon warcki podzielił los innych polskich zakonów. W 1898 roku władze carskie przystąpiły do likwidacji klasztoru w Warcie, wydając zakaz przyjmowania do klasztoru nowych kandydatek. Gdy w sposób naturalny stan osobowy klasztoru zmniejszył się do 5 sióstr – staruszek, rząd carski nakazał kasatę klasztoru  i przeniesienie pozostałych sióstr do klasztoru w Wieluniu. Podczas opuszczania klasztoru   miało miejsce niezwykłe wydarzenie  z  krzyżem,  nazywanym  krzyżem „Cudownego Pana Jezusa Warckiego”, umiejscowionym wcześniej w refektarzu klasztoru. Wbrew planowanemu przeznaczeniu (miał być podarowany siostrom Szarytkom z Sieradza), krzyż ten powędrował do klasztoru w Wieluniu i przypominał on nieustannie siostrom o obowiązku podjęcia w stosownym czasie starań o reerekcję klasztoru bernardynek w Warcie. Po kasacie budynek klasztorny od 1908 r. stał się częścią szpitala psychiatrycznego. Kościół utrzymał charakter sakralny, będąc początkowo pod opieką duchowieństwa  diecezjalnego a następnie oo. bernardynów. 

W 1983 roku przełożona klasztoru sióstr Bernardynek w Wieluniu Matka Antonina Mazurek podjęła starania o reerekcję klasztoru w Warcie. Prymas Polski Kardynał Józef Glemp dekretem N-1080-84 P z dnia 5 maja 1984 roku uwieńczył te starania i wyraził zgodę na wznowienie wspólnoty. Jej początek dały trzy siostry „ochotniczki” z klasztoru wieluńskiego, które przybyły do Warty 2 lipca tegoż roku, przywożąc ze sobą krzyż „Cudownego Pana Jezusa Warckiego”. Ówczesny Ks. Bp Ordynariusz Włocławski, Jan Zaręba, przyjął siostry z wielką radością i życzliwością, błogosławiąc rozwój nowej placówki.
W 1986 r. rozpoczęto budowę nowego klasztoru i przeprowadzono jednocześnie gruntowny remont kościoła.

10 lipca 1994 r. J.E. ks. Biskup Ordynariusz Włocławski Bronisław Dembowski dokonał uroczystego poświęcenia nowego klasztoru i odrestaurowanego kościoła p.w. Najświętszej Marii Panny Matki Kościoła i św. Józefa.

Dawny klasztor zajmowany był nadal przez szpital psychiatryczny. Odzyskiwanie tych obiektów dokonywało się stopniowo, w miarę likwidacji oddziałów szpitala. Pomieszczenia na piętrze przejęły siostry w roku 1994,   a parter w  całości  w 2001 roku.  Obecnie w części parterowej,  Siostry prowadzą Dom Pomocy Doraźnej  im. Św. Franciszka z Asyżu dla starszych pań. Tak, idąc za wzorem naszego zakonodawcy św. Franciszka i św. Elżbiety Węgierskiej – naszej patronki,   łączymy życie kontemplacyjne z dziełami  miłosierdzia.

Rok 2009 był rokiem jubileuszowym, 25-lecia powrotu Sióstr Bernardynek do Warty. Uroczyste obchody Jubileuszu miały miejsce 5-tego lipca. Data ta połączyła datę 2 VII 1984 r.– tj. przybycia sióstr do Warty i datę – 10 VII 1994r. – datę poświęcenia odrestaurowanego kościoła i nowego klasztoru.

     Natomiast rok 2024 będzie rokiem jubileuszu 400-lecia istnienia Sióstr Bernardynek w Warcie, na które to 400-lecie składa się 360 lat istnienia klasztoru od założenia do kasaty carskiej i 40 lat istnienia od reerekcji klasztoru w 1984 roku. Dziewięcioletnią Nowenną Eucharystyczną przygotowują się siostry do obchodu tego pięknego jubileuszu.